肉用牛免税特例 －強化された税務調査と留意すべきポイント－

以前、「急増する肉用牛免税の税務調査－農業生産法人が税務調査で問題とされるポイントを解説します－」という記事（https://www.torikai.gr.jp/tax/7712）を書かせていただいたところですが、それ以降も、肉用牛免税の特例を利用する納税者への税務調査は強化され続けているところです。

そこで今回は、最近の税制改正を踏まえて大幅に加筆するとともに、国税不服審判所の裁決例や裁判所による判決例なども参照しながら、肉用牛免税の特例を適用しようとする納税者が留意すべきポイントを解説していきたいと思います。

 

１　肉用牛免税特例の概要

租税特別措置法６７条の３が規定する、いわゆる「肉用牛免税特例」は、農地所有適格法人が、免税対象飼育牛を、家畜市場・中央卸売市場等において売却したり、農業協同組等に委託して売却したりした場合に利益が生じたときには、そのことを記載した確定申告書等を提出することにより、その利益の額に相当する金額を損金の額に算入するというものです。

つまり、農地所有適格法人が免税対象飼育牛を売却したことにより得た一定の利益の額については、課税されないということが規定されています。なお、農業を営む個人が肉用牛を売却した場合にも、同様に、農業所得の課税の特例が設けられています（租税特別措置法２５条）。

 

２　肉用牛免税特例の適用状況と国税当局による課税強化の動き

さて、我が国の租税法の中でも異色ともいえるこの肉用牛免税特例の最近の３年間の適用状況（※財務省発表）を見てみましょう。

 

適用件数			上段：適用総額 　適用額　　　　中段：上位10社適用額 　　　　　　　　下段：上位10社割合
平成25年度	平成26年度	平成27年度	平成25年度	平成26年度	平成27年度
１,１１７	１,２２４	１,４１７	２２９億円 ４１億円 １７．８％	２３４億円 ３２億円 １３．５％	２９７億円 ３３億円 １１．２％

 

 

上記のとおり、適用件数・適用総額とも年を追うに連れて上昇しています。

一方でこの特例は、租税法の条文の中でも珍しい、「一定の利益には課税しない」というものですから、「形を変えた補助金」といった批判も根強く、税制改正の際には常に存廃の議論の俎上にのぼり、対象となる肉用牛の売却金額や頭数の上限が引下げられたりしているところですが、それに加えて、課税の執行状況が適切でないという指摘や、制度が有効に機能していないという意見が出されていることなども影響しているためか、ここ数年、国税当局による課税強化の動きが顕著となってきました。

それによって、この特例を受けている納税者が、税務調査において要件を充足していないと指摘されて、修正申告に応じたり、更正処分を受けたりということが増加してきているため、納税者は、この特例を受けるための要件をもう一度見直すべき時期にきているといえます。

 

３　肉用牛免税特例を受ける要件について

肉用牛免税特例は、大きく分けて次の「８要件」を満たすことで適用を受けることができます。

 

肉用牛免税特例を受けるための要件（チェックリスト）
（１）	納税者が農地法２条３項に規定する農地所有適格法人であること
（２）	法律で定められた肉用牛であること
（３）	定められた方法により売却されていること
（４）	免税対象飼育牛であること
（５）	１５００頭以内であること
（６）	申告書に記載があること
（７）	計算明細書が添付されていること
（８）	売却証明書が添付されていること

他の租税特別措置法と比べても、それほど多くの条件にしばられているわけではないのですが、条文を一読しただけで即座に理解できるという書き方になっていないということもあり、その解釈を巡って国税当局と争いになることも少なくありません。

そこで以下では、この条文に規定された要件の内容を解説するとともに、税務調査で指摘されやすいポイントをお示ししていきたいと思います。

 

４　肉用牛免税特例を受けるための要件その１－実体的要件－

上記のとおり、肉用牛免税特例を受けるためには「８要件」を満たす必要がありますが、これを大きく分けますと、どのような法人であることが必要なのか、どのような牛をどのような方法で売却すれば良いのかといった実体的な要件（その１）と、税務申告の際に必要な手続的要件（その２）の２つがあります。

そこでまず、上記（１）～（５）の実体的要件について解説をさせていただきます。

 

（１）納税者が農地法２条３項に規定する農地所有適格法人であること

肉用牛免税特例は、「農地法２条３項に規定する農地所有適格法人」だけに認められています。したがいまして、まず気を付けるポイントはここです。どんなに大量の肉用牛を肥育していても、この条件を満たしていなければ特例を適用することは出来ません。もう一度、自身の法人が、「農地法２条３項に規定する農地所有適格法人」に該当しているかどうか確認しましょう。

以前、この項は、同じ農地法２条３項でも、「農業生産法人」と規定されていましたが、農地法の一部が改正されたことを受けて、平成２８年３月から、「農地所有適格法人」に対して適用されることとなりました。

農業生産法人の時代はその条件を満たすにはかなりハードルが高かったのですが、農地所有適格法人になって、「構成員・議決権要件」と「役員要件」に関する条件のハードルが下がりました。具体的には次のように条件が緩和されています（要旨ですので、実際の判定は必ず条文に照らしてください。）。

 

農業生産法人（改正前）	農地所有適格法人（改正後）
構成員・議決権要件
○農業関係者 ・常時従事者、農地を提供した個人、地方公共団体、農協等の議決権が、総議決権の「３／４以上」     ○農業関係者以外の構成員 ・保有できる議決権は、総議決権の１／４以下 ・法人と継続的取引関係を有する関連事業者等に限定（※改正により撤廃されました）	○農業関係者 ・常時従事者、農地を提供した個人、地方公共団体、農協等の議決権が、総議決権の「１／２超」 ・農地中間管理機構又は農地利用集積円滑化団体を通じて法人に農地を貸付けている個人（※改正により追加されました） ○農業関係者以外の構成員 ・保有できる議決権は、総議決権の１／２未満
役員要件
○役員の過半が農業（販売・加工等含む）の常時従事者（原則年間１５０日以上） ○更にその常時従事者である役員の過半が農作業に従事（原則年間６０日以上）	○同左（※変更なし）   ○役員又は重要な使用人（農場長等）のうち、１人以上が農作業に従事（原則年間６０日以上）

 

なお、この農地所有適格法人の要件は事業年度ごとの判定となりますので、株主や社員といった構成員に変更があった場合や、取締役や理事といった役員に変更があった場合には、再度確認を行うようにしてください。

 

（２）法律で定められた肉用牛であること

「肉用牛」とは、「農業災害補償法１１１条１項に規定された肉用牛等及び乳牛の雌等」とされています。

この農業災害補償法１１１条１項では、「肉用牛等（乳牛の雌等及び種雄牛以外の牛並びに乳牛以外の牛の胎児をいう。）」と定めていますが、具体的には、市場において取引された「肉用牛の成牛（雄牛、去勢牛及び雌牛）」及び「子牛（雄牛、去勢牛及び雌牛）」並びに「乳牛の成牛（雄牛及び去勢牛）」及び「子牛（雄牛及び去勢牛）」は、いずれも肉用牛免税特例の対象になります。

次に、肉用牛免税特例においては、上記の牛の他、乳牛の雌等で政令で定めるものを除き適用の対象とする、と規定されています。具体的には、乳牛の雌等のうち、子牛の生産の用に供されたもの及び牛の胎児を除いて免税特例の対象に含まれることになります。

 

（３）定められた方法により売却されていること

肉用牛免税特例を受けるためには、売却方法に条件が付けられていますが、これは、肉用牛の流通を適正かつ円滑にし、価格形成の合理化等に資する趣旨から、家畜市場、中央卸売市場、農業協同組合等を通じて売却する場合に限られているのですが、その方法は、「①農地所有適格法人が飼育した肉用牛」である場合と、「②農地所有適格法人が飼育した生産後１年未満の肉用牛」の２つに区分されます。

①農地所有適格法人が飼育した肉用牛の売却方法

まず、通常の肉用牛の場合ですが、こちらは、「家畜取引法第二条第三項に規定する家畜市場、中央卸売市場その他政令で定める市場において行う売却」とされています。家畜市場と中央卸売市場はある程度イメージが付きやすいと思いますが、では、「その他政令で定める市場」についてもう少し詳しくみてみましょう。

政令では、この市場について次の４つを規定しています。

 

ア　家畜取引法第二十七条第一項の規定による届出に係る市場 イ　畜産物の価格安定に関する法律附則第十条の規定により中央卸売　市場とみなされた市場 ウ　条例に基づき食用肉の卸売取引のために定期に又は継続して開設される市場のうち、当該条例に基づき地方公共団体がその市場における業務の適正かつ健全な運営を確保するため、その開設及び業務につき必要な規制を行うものとして農林水産大臣の認定を受けたもの エ　農業協同組合、農業協同組合連合会又は地方公共団体により食用肉の卸売取引のために定期に又は継続して開設される市場のうち、当該市場における取引価格が中央卸売市場又は第二号の中央卸売市場とみなされた市場において形成される価格に準拠して適正に形成されるものとして農林水産大臣の認定を受けたもの

 

条文だけを見ますとどのような市場なのかが分かりづらいのですが、「ア」は「臨時市場」、「イ」は「中央卸売市場以外の指定市場」、「ウ」・「エ」は「農林水産大臣による認定市場」と考えていただければと思います。

ところで、実はこの「市場において行う売却」の解釈については、注意が必要です。市場において行う売却であったか否かが税務調査の際に問題とされ、更正処分が行われた例があります。納税者はこの処分を不服として国税不服審判所で争ったのですが、結論は、「納税者が行った肉用牛売却取引は、納税者が取引先との間において直接行った肉用牛の売却に係る取引であり、卸売市場において行われた取引ではないので、当該特例を適用することはできない。」として、納税者の主張は退けられています。

また、認定市場において売却された肉用牛の価格が問題となった事例もあり、そこでは裁判所が、認定市場における売却については、「価格の公正さが担保された売却であることを要する」と判示しているように、売却側と購入側が相対で価格を決めてしまうような取引は、たとえ認定市場を通じて行う売却であっても、肉用牛免税特例を適用することは出来ないということになりますので、注意が必要です。

 

②農地所有適格法人が飼育した生産後１年未満の肉用牛

次に、生産後１年未満の肉用牛は、農業協同組合又は同連合会のうち政令で定めるものに委託して売却されていることが必要であるとされています。こちらの農協等も詳細は政令で規定されているのですが、ざっくりと言いますと、「肉用子牛生産安定等特別措置法に基づく生産者補給金交付業務に関する事務の委託を受けている組合で農林水産大臣が指定したもの」、とお考えいただければと思います。

この指定組合に該当しているかどうかは、公示されていますので、そちらで確認が可能です。

なぜ、このように、農協へ委託をして売却した場合にも肉用牛免税特例が適用できるようになったかにつきましては、農協等を通じた地域内一貫生産による効率的な生産・流通を通じることで、肉用牛生産基盤の強化と生産コストの低減につながるということがその理由であったとされています。

 

（４）免税対象飼育牛であること

農地所有適格法人が飼育した肉用牛を、市場で売却したり、農協等に委託して売却した場合であっても、その肉用牛が「免税対象飼育牛」でない限り、肉用牛免税特例を適用することはできません。

ところで、この免税対象飼育牛とはどのような牛をいうのか見てみる前に、一点気を付けていただきたいポイントがあります。それは、この肉用牛の飼養期間が極端に短く、単なる肉用牛の移動としかいえないような売却の場合には、この特例を適用しないということが、国税庁長官と農水省畜産局長との間で取り決められているということです。具体的には、飼育の期間が２月以上でないとこの特例の適用ができませんので、注意が必要です。

では、「免税対象飼育牛」とはどのような牛をいうのかですが、次の肉用牛をいいます。

①農林水産大臣の承認を受けた規定に基づいて登録されている肉用牛

②その売却価額が１００万円未満である肉用牛（交雑牛は８０万円未満、乳牛は５０万円未満）

②では、売却価格に上限が設けられていますが、これは、近年の飼育農家が、一般家庭用の牛肉というよりはむしろ、レストランや料亭といった高級肉用牛に生産をシフトしているという傾向があるからです。つまり、そもそもこの肉用牛免税特例が、国内の肉用牛の増殖肥育を奨励し、併せて国内の牛肉価格形成の合理化等に資するという趣旨の基に制定されたことからすると、その趣旨にそぐわない事例が出てきているということが理由のようです。したがいまして、ブランド牛を飼育している肉用牛農家は、この特例を受けられない可能性が高いことにも注意が必要です。

ただし、売却価額が一定の価額以上であっても、次の世代の改良増殖に著しく寄与する登録牛は、免税対象とすることとされていますが、農林水産大臣は次のような登録を指定しています。

 

社団法人全国和牛登録協会の登録規程に基づく高等登録及び育種登録 社団法人日本あか牛登録協会の登録規程に基づく高等登録 社団法人日本短角種登録協会の登録規程に基づく高等登録 社団法人北海道酪農畜産協会のｱﾝｶﾞｽ･ﾍﾚﾌｫｰﾄﾞ種登録規程に基づく高等登録

 

（５）特例を受けられる免税対象飼育牛は１５００頭以内であること

さて、実体的要件の最後は、特例を受けられる牛の頭数ですが、これは１５００頭以内とされています。

この頭数制限につきましては、平成２０年改正前は設けられておらず上限がなかったのですが、平成２０年改正で「２０００頭以内」と上限が設けられ、その後平成２３年改正で「１５００頭以内」と更に削減されました。

これは、経営規模が一定程度の水準に達した農家については、既にこの特例の政策目的が達成されていることを踏まえて、将来的に安定した経営を行える程度の頭数にまで対象を限定することとされたためです。

ところで、年間に売却された免税対象飼育牛が１５００頭を超える場合ですが、このとき、どの牛を選ぶかは法人の計算による、つまり法人にとって有利な牛を選んでよいことになっていますので、申告の際にはそれも併せてチェックするようになさってください。

一方で、免税対象飼育牛の売却による利益の額は、１頭ごとに計算するのではなく、売却した免税対象飼育牛全て（１５００頭を超える場合には選択した１５００頭全て）に係る収益の額から原価と売却経費を合計した額を控除した金額とされています。したがいまして、免税対象飼育牛全てのうちに、１頭ごとに計算すると損失が生じる免税対象飼育牛がいたとしても、これを除外して利益の額を計算することができないことに注意が必要です。

つまり、「いいとこどりはできない」、ということです。

 

以上が、肉用牛免税特例を適用するために満たすべき５つの実体的要件となります。

特に税務調査で問題となりやすいのが、「決められた方法で売却されているか」、「飼養期間は２月を超えているか」、「利益の出ている牛だけを選択していないか」という点ですので、申告前にもう一度この点をチェックされてください。

では次は、その申告に際して気を付けるべき点を解説させていただきます。

 

５　肉用牛免税特例を受けるための要件その２－手続的要件－

さて、上記の５つの要件に則って、農地所有適格法人が、その飼育した免税対象飼育牛を法律に定められた方法で売却をした場合、肉用牛免税特例を受けるためにはもう少し頑張っていただく必要があります。

つまり、税務署に提出する申告書と添付資料がキッチリと法律が要求するものとなっているかどうかの確認です。これが、肉用牛免税特例を受けるための要件その２である「手続的要件」です。

上でも書かせていただきましたが、これには「３つの要件」を満たしていただく必要があります。重要な事項ですので、まずは法律がどのように規定しているのかをご覧ください。

 

第一項の規定（筆者注：農地所有適格法人が免税対象飼育牛を売却したことにより得た一定の利益の額について課税されないという規定）は、確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入する金額の計算に関する明細書並びに免税対象飼育牛の売却が同項各号に掲げる売却の方法により行われたこと及びその売却価額その他財務省令で定める事項を証する書類の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、同項の規定により損金の額に算入される金額は、当該申告に係るその損金の額に算入されるべき金額に限るものとする。

 

つまり、農地所有適格法人が免税対象飼育牛を売却したことにより得た一定の利益の額について課税されないためには、「申告書に記載」があり、かつ、「計算明細書」と「売却証明書」が添付されていて初めて適用される、となっています。

順番に見ていきましょう。

 

（６）申告書に記載があること

この部分につき条文では、「確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり」としていますから、まずはこの点の漏れがないかどうかしっかりとチェックしてください。

なお、この利益の額の計算方法ですが、「売却した免税対象飼育牛に係る収益の額－その収益に係る原価の額－その売却に係る経費の額」とされています。

要約しますと、「売上－原価－売却経費」、すなわち利益部分を丸々損金の額に算入した申告書を提出することになります。

 

（７）計算明細書が添付されていること

この計算明細書は、法人税申告書に関する別表にその様式－農地所有適格法人の肉用牛の売却に係る所得又は連結所得の特別控除に関する明細書－がありますから、この明細書で計算を行って、申告時に提出するようになさってください。

 

（８）売却証明書が添付されていること

申告書に損金の額に算入すべき金額を記載し、計算明細書も添付しました。さあ、あと一息です。

「必要事項が記載された売却証明書」を忘れずに添付してください。この「必要事項が記載された売却証明書」は、上記５の（３）で解説をした、家畜市場、中央卸売市場、農業協同組合、農業協同組合連合会から発行してもらうことになります。

以上で、手続的要件を満たすことになります。これで、肉用牛免税特例を受けることができます。

 

（９）申告に際してもう一点気を付けるべき重要事項について

最後にもう一点、注意事項を書かせていただきます。

申告の際に、上記（６）～（８）の全てが満たされていることが必要なのですが、このうちの１つでも漏れていると、どれだけ他の要件が完璧でも、一切、肉用牛免税特例を受けることはできません。一応、法律上は、「税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類並びに同項の明細書及び証する書類の提出があつた場合に限り、第一項の規定を適用することができる。」として救済規定を設けてくれていますが、税務署長が「やむを得ない事情があると認めるとき」などということは、天変地異でも起こらない限り無いと思ってください。

申告のときに売却証明書が見つからなかったのでそのまま金額だけ書いて出したけど、事務所の整理をしていたら出てきたので税務署に持っていこう、などと思っても、申告期限を過ぎていた場合には、税務署は絶対に受け付けてくれません。

くれぐれも注意してください。

 

６　要件を守って特典を有効に使いましょう

肉用牛は豚や鶏といった他の畜産物よりも肥育期間が長く、農家がそれだけ経営のリスクを抱えているという事情もあって、このような特例が設けられているわけですから、要件をキッチリと守って、ぜひこの特典を活用されてください。

 

鳥飼総合法律事務所　税務部　高田貴史

 

※平成２８年６月３０日現在の法令等によります。税制改正等で条件が変わることがありますので、最新の情報に照らしてください。

※本稿は一般的な情報を提供するものであり、法的助言を目的とするものではありません。個別の事案については、当該案件の個別の状況に応じて、税理士等専門家の助言を求めて頂く必要があります。また、本稿に記載された見解は筆者の個人的見解であり、税務官庁等の見解とは異なることも有り得ます。したがって、本見解に沿って行動した場合における法律上の安全性を保証するものではございません。